Die Nationalparkverwaltung hat die Aufgabe den Nationalpark und seine Entwicklung zu fördern und zu pflegen. Außerdem betreibt die Verwaltung Projekte zu Bildung und Information über die ungestörten Abläufe der Natur und zur Umweltbildung. Nach der Gründung des Nationalparks am 31.12.1997 nahm sie bereits drei Monate später die Arbeit auf. Seit 2012 ist sie direkt dem Thüringer Ministerium für Landwirtschaft, Forsten, Umwelt und Naturschutz unterstellt.